رسول جلیلی، عضو حقیقی شورای عالی فضای مجازی، با انتقاد از تشکیل ستاد ویژه راهبری فضای مجازی، آن را نهادی موازی و برخلاف قانون دانست. وی اعلام کرد که مصوبات این ستاد که به دستور رئیسجمهور تشکیل شده، فاقد قابلیت اجرایی است زیرا این نهاد صرفاً جنبه مشورتی دارد. جلیلی همچنین به موضوع عدم عقلانیت در بازگشایی اینستاگرام اشاره کرد و از روند رسیدگی دیوان عدالت اداری به شکایت اعضای شورا ابراز نارضایتی نمود. وی معتقد است ایجاد ساختاری در تراز سیاستگذاری که موازات با مرجع قانونی فراقوهای باشد، ورود به حیطه اختیارات شورای عالی فضای مجازی است. وی همچنین از تعطیلی ۱۴ ماهه شورای عالی در سایه فعالیتهای این ستاد موازی انتقاد کرد.