تفاوتهای ساختاری میان ویروسها و باکتریها دلیل اصلی بیتأثیری آنتیبیوتیکها بر ویروسها است. باکتریها موجودات تکسلولی زنده هستند که میتوانند بهطور مستقل رشد و تکثیر کنند، اما ویروسها فاقد ساختار سلولی بوده و برای تکثیر به یک سلول میزبان وابسته هستند. اندازه باکتریها معمولاً بین ۰٫۵ تا ۵ میکرومتر است که بسیار بزرگتر از ویروسها با اندازه ۲۰ تا ۳۰۰ نانومتر میباشد. ویروسها از ماده ژنتیکی (دیانای یا آرانای) و یک پوشش پروتئینی تشکیل شدهاند و برخلاف باکتریها، قادر به پردازش مواد مورد نیاز خود نیستند. به همین دلیل، درمان ویروسها نیازمند روشهای متفاوتی نسبت به درمان عفونتهای باکتریایی است.