سیستم عامل لینوکس به دلیل انعطاف بالا و اجرای دقیق دستورات بدون هشدار، می تواند برای کاربران تازه کار خطرساز باشد. ترمینال لینوکس برخلاف سیستم عامل های دیگر فاقد سطل زباله است و اجرای دستورات اشتباه می تواند تمام اطلاعات را نابود کند. دستور معروف rm -rf با دسترسی ریشه، تمام فایل ها و درایوهای متصل را بدون بازگشت پاک می کند. دستور تغییر دسترسی chmod 777 نیز امنیت سیستم را به خطر انداخته و دسترسی کامل را به همه کاربران می دهد. حذف زمان بندهای سیستم با دستورات مربوط به cron job می تواند سرویس های خودکار را از کار بیندازد. بمب شاخهای یا fork bomb نیز با تولید میلیون ها پردازش در چند ثانیه، منابع سیستم را کاملاً درگیر و متوقف می کند. کارشناسان توصیه می کنند کاربران هرگز دستورات ناشناخته را بدون آگاهی کامل در ترمینال کپی و اجرا نکنند. رعایت نکات امنیتی و داشتن پشتیبان از اطلاعات، راهکار اصلی جلوگیری از این فجایع است.
