بیماری آنفلوآنزا گاهی میتواند با سرایت به مجاری تنفسی تحتانی سیر جدیتری پیدا کند و عوارضی مانند ذاتالریه ویروسی یا باکتریایی ایجاد کند. دکتر شوبهام آگاروال هشدار داد که نباید به ویروس H۱N۱ صرفاً به عنوان یک آنفلوآنزای فصلی نگاه کرد. این عفونت شدید میتواند موجب التهاب در اندامهایی فراتر از ریهها، از جمله میوکاردیت و مشکلات عصبی شود. افراد مسن، کودکان زیر ۱۲ سال، زنان باردار و افراد دارای بیماریهای زمینهای مانند آسم یا دیابت بیشتر در معرض خطر هستند. شناسایی زودهنگام و درمان ضدویروسی سریع نقش مهمی در کاهش عوارض بیماری دارد. پزشکان بر لزوم هوشیاری در برابر علائم پایدار یا رو به وخامت تأکید میکنند.
