بسیاری از سازمانها برای مدیریت فعالیتهای روزمره از نرمافزارهای تخصصی مختلف استفاده میکنند که هر کدام بخشی از نیازهای سازمان را پوشش میدهند. اما وجود این نرمافزارها لزوماً به معنای هماهنگی کامل میان واحدها نیست. برای مثال، یک درخواست خرید ممکن است در سامانههای مختلف بررسی شود که بدون مدیریت مناسب، کارکنان زمان زیادی برای پیگیری صرف میکنند. مشکل اصلی نبود سازوکاری مشخص برای مدیریت جریان کار میان سامانهها و افراد است. نرمافزار BPMS با فراهم کردن امکان مدلسازی، اجرای گردش کار و پایش فرآیندها، به سازمان کمک میکند تا فعالیتهای پراکنده را در قالب مسیرهای کاری مشخص سامان دهد. سیستمهای جزیرهای مشکلاتی مانند افزایش زمان انجام کارها، تکرار ورود اطلاعات، وابستگی به پیگیریهای فردی، کاهش شفافیت عملیاتی و دشواری در بهبود فرآیندها ایجاد میکنند. سازمانها باید ابتدا مشخص کنند که مشکل اصلی در کیفیت سامانهها، ارتباط فنی میان آنها یا طراحی فرآیندها قرار دارد.