بهنام سراج پس از سه سال در نفت آبادان در تابستان ۷۷ به پرسپولیس پیوست. او در تیم پرسپولیس با مهاجمان گلزن دیگر مانند کوروش برمک و علی باغمیشه هم تیمی شد اما به ندرت در ترکیب ثابت حضور داشت. علی پروین سرمربی پرسپولیس با سبک بازی سراج موافق نبود و او در دو سال و سه ماه حضور در پرسپولیس جایگاه ثابت نیافت. سراج در مهر ۷۹ به صورت غیرمنتظره از پرسپولیس جدا شد و به انتقاد علنی از پروین پرداخت. او در پرسپولیس دو بار برابر فولاد گلزنی کرد و در فصل ۷۸–۷۹ گلهای حساسی برای قهرمانی پرسپولیس به ثمر رساند. پس از جدایی از پرسپولیس، سراج به فولاد پیوست و سه بار برابر پرسپولیس گلزنی کرد. او تا کنون بهترین گلزن تاریخ در بازی‌های پرسپولیس و فولاد با پنج گل به ثمر رسیده است.
