متخصصان ایمنی غذا هشدار می‌دهند که قرار دادن برخی اشیاء در مایکروویو می‌تواند منجر به آتش‌سوزی یا آزاد شدن مواد شیمیایی مضر شود. استفاده از ظروف فلزی به دلیل ایجاد جرقه و خطر آتش‌سوزی اکیداً ممنوع است. همچنین پلاستیک‌های یکبارمصرف و ظروف یونولیتی نباید در مایکروویو قرار گیرند، زیرا با ذوب شدن، ترکیبات سمی را به غذا منتقل می‌کنند. کیسه‌های کاغذی قهوه‌ای و روزنامه‌ها نیز به دلیل احتمال اشتعال یا انتشار بخارات سمی، برای این دستگاه مناسب نیستند. توصیه می‌شود برای گرم کردن غذا از ظروف شیشه‌ای یا سرامیکی ایمن استفاده شود.
